Le seul moyen d'étudier la matière noire qui compose 90% de l'univers et de comprendre le fonctionnement des neutrinos est de réaliser des expériences souterraines. Seule une grande quantité de roche permet d'annuler les effets des radiations cosmiques et la radioactivité ambiante qui faussent les expériences.
En 1986, le laboratoire de Physique Nucléaire et Hautes Energies de l'université de Saragosse recherchait un lieu adapté pour ses expériences. Le tunnel ferroviaire désaffecté du Somport était tout trouvé. A 780 mètres de l'entrée espagnole du tunnel deux salles de 10 m² accueillirent un premier laboratoire. Il fut complété en 1988 à 1200 mètres de l'entrée du tunnel par des préfabriqués posés sur la voie. A l'occasion des travaux du tunnel routier en 1994, un troisième laboratoire de 118 m² est aménagé perpendiculairement à la voie. En 2003, un nouveau laboratoire de 1000 m² accessible depuis le tunnel routier, à l'abri de 900 mètres de roche va voir le jour.
Le laboratoire souterrain de Canfranc, peu connu du grand public, a réalisé une dizaine d'expériences sur la matière noire et les neutrinos. Unique en Espagne, doté d'un matériel scientifique de pointe, il fait aujourd'hui parti des grands laboratoires de recherche européens comme ceux du Fréjus et du Grand Sasso d'Italie.
 
Le site en espagnol du laboratoire